При максимальных увеличениях светового микроскопа митохондрии выглядят как шарики и стерженьки. Под электронным микроскопом они выявляются в виде сферических, удлиненных, чашевидных, иногда лопастных телец с состоящей из двойной мембраны оболочкой и внутренними мембранными структурами, называемыми кристами (фото 
[44]. Кристы происходят из внутренней мембраны оболочки (фото 7) и имеют форму складок или трубочек. В мембраны крист встроены ферменты, в том числе ферменты цикла Кребса. Митохондрии участвуют в дыхании, приводящем к освобождению энергии, и процессах ее запасания в форме, доступной для энергозависимых функций. Считается, что наиболее вероятным способом воспроизводства митохондрий является деление, которому предшествует рост этих органелл [4]. Митохондрии содержат ДНК и рибосомы, однако их генетические возможности ограничены. Тем не менее некоторые исследователи [46] строго придерживаются взгляда, что митохондрии, подобно пластидам, автономны по своему филогенетическому происхождению и оказались связанными с эукариотической клеткой в качестве «внедрившихся симбионтов». Другие исследователи [5] считают, что эукариотическая клетка развивалась по пути, не зависимому от симбиоза.